生态学院成立于2024年3月，最早可追溯到成立于1958年的华南热带作物学院生态研究室，分别于1990年、2011年获批生态学硕士学位授权点和博士学位授权点，2019年设立生态学博士后科研流动站，2018年开始招收第一届生态学本科生，已形成本、硕、博人才培养体系。

学院立足海南、辐射东南亚，重点关注环南海区域生态安全，在热带雨林、红树林、珊瑚礁、海草床等典型生态系统的生物多样性保护、陆海统筹生态修复、全球变化与生态系统响应等方面开展了系统的研究；面向海南省建设中国特色自由贸易港和国家生态文明试验区等国家重大战略需求，积极践行绿色发展理念和“山水林田湖草沙是一个生命共同体”的系统治理观念，服务海南生态文明建设、实践指导、模式推广和政策咨询，为海南及环南海区域生态保护与高质量发展等提供理论支撑与技术保障。全院现有专任教师72人，高级职称50人，其中教授19人。教师中有国家级人才4人，挪威科学院外籍院士、欧洲科学院外籍院士1人，以及海南省领军人才、拔尖人才、海南省有突出贡献专家、海南”省委联系服务重点专家”及后备人选等30余人。现有本科生350余人，硕士研究生299名，博士研究生188名。

学院拥有设施齐全的实验室近2000平方米和20多家校外实习实践基地，建有国家生态质量综合监测站（海南热带雨林站（森林）和海南热带海岸带站（海洋））、中国科学技术协会“海智计划”海南（海南大学）工作基地、海南省环南海陆域生物多样性国际联合研究中心、海南省珊瑚礁生态学国际联合研究中心、海南省热带生态环境修复工程研究中心、海南大学碳中和产业技术创新研究院、海南省院士工作站和海南省院士团队创新中心等多个科教平台，参与建设南海海洋资源利用国家重点实验室、热带特色林木花卉遗传与种质创新教育部重点实验室等。

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