学校“立足海南、面向全国、辐射东南亚”，突出“热带、海洋、特区”三大特色，充分利用热区和海南的区位优势及资源条件，围绕热带农业、热带植物资源和热带海洋生物资源的开发与利用、新材料科学与化工制造技术、计算机技术与信息检索应用、食品科学与工程、生态与环境保护、特区法制与公共管理研究、海南文化与区域经济发展等领域新组建了多支科研团队，取得了突出的科技成果。
建有国家重点实验室培育基地“海南省热带生物资源可持续利用重点实验室”1个，教育部重点实验室“热带作物种质资源保护与开发利用”、“热带生物资源”及“海南优势资源化工材料应用技术”3个，教育部工程中心“热带作物新品种选育”、“热带多糖资源”2个，海南省重点实验室“海南省耐盐作物生物技术重点实验室”、“海南省精细化工重点实验室”、“海南省热带水生生物技术重点实验室”、“海南省信息检索重点实验室”、“海南省硅锆钛资源综合开发与利用重点实验室（筹）”、“海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室（筹）”、“海南省石油化工产品检测重点实验室（筹、合作）”7个，教育部工程技术研究中心“热带作物新品种选育教育部工程研究中心”、“热带多糖资源利用教育部工程研究中心”2个，海南省工程技术研究中心“海南省精细化工工程技术研究中心”、“海南省海洋通信与网络工程技术研究中心”2个，海南省人文社会科学研究基地“海南省历史文化研究基地”，省级研究所“海南省食品科学研究所”。
设有校级重点学科16个，即：文艺学、外国哲学、生物技术、中国现代经济理论、世界经济、作物栽培学与耕作学、结构工程、计算机应用技术、旅游管理、艺术设计、材料物理与化学、野生动植物保护与利用、海洋生物学、中国哲学、中国现代文学、英语语言文学。
2009年，海南大学从事科技活动、人文社会科学活动人员共2144人，其中具有高级职称人员665人，中级职称人员869人。
近年来,我校获准立项课题共1903项，资助经费13219万元。包括：1、国家级课题160项，资助经费6728万元；2、部级课题107项，资助经费3361万元；3、省级课题417项，资助经费421万元；4、地厅级课题972项，资助经费906万元；5、横向及其他课题92项，资助经费1238万元；6、校级科研项目147项，资助经费565万元。
国家级课题（含子课题）有国家社科基金项目10项，国家科技重大专项1项，国家863计划项目9项，国家自然科学基金项目68项，973前期专项3项，国家科技支撑计划项目26项，国际合作项目2项，国家星火计划项目2项，国家科技基础条件平台建设项目1项，国家科技基础工作专项4项，农业科技成果转化资金1项，科技人员服务企业项目18项，国家软科学计划项目7项，其他国家级专项项目8项。
部级课题有教育部各类课题28项，司法部课题3项，农业部课题49项，人事部课题6项，国家海洋局课题10项，卫生部课题1项，国家林业局课题7项，国家质量监督局2项，中央基本科研业务专项1项。
2005-2009，共获得省部级以上科技奖励119项、其中获教育部高等学校科技奖（自然科学奖）二等奖1项，教育部高等学校科学研究优秀成果（人文社会科学）二等奖1项；海南省科技进步一等奖6项，海南省科技成果转化一等奖2项；海南省社会科学优秀成果奖特等奖1项，特别奖1项，一等奖12项。
2005-2009年，出版学术著作（教材）419，发表学术论文5597篇，其中SCI、EI、ISTP收录论文311篇。申请专利99项，获得授权专利50项。
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